Ранее МЛПУ «Городская больница №1» размещалось в здании по ул. Красноармейская д.14, которое было построено в 1913 году. До 1917 года здесь располагался манеж (спортивный зал) «Томского общества содействия физическому развитию». В 1917 году здание манежа было серьезно повреждено пожаром и до начала 30-х годов не эксплуатировалось. С 1930 года в здании располагалась городская больница.

За свою историю больница претерпела множество реорганизаций. С середины 70-х годов учреждение представляло собой объединение под названием «Городская больница скорой медицинской помощи №1», включавшее в себя кроме стационара, станцию скорой помощи. С 1992 года произошло их разделение на два самостоятельных учреждения – «Станцию скорой медицинской помощи» и «Городскую больницу №1». 

С апреля 2006 года в составе ГБ №1 открыты новые отделения - хирургия, терапия, офтальмология, на базе стационара бывшей «Узловой больницы на ст.Томск-2» (ул.Рабочая,21), которая была передана ОАО «Российские железные дороги» в собственность муниципального образования г.Томск.

С октября 2009 года МЛПУ «Городская больница №1» реорганизована в новое муниципальное лечебное учреждение «Городская больница скорой медицинской помощи», на базе стационара железнодорожной больницы по ул. Рабочей, 21.